Tháng 9 năm 1963, Lê Đức Thọ, Trưởng ban Tổ chức Trung ương, đăng một bài báo trên Báo Nhân dân nói rằng một số đảng viên bị ảnh hưởng của "chủ nghĩa xét lại" vì thế nghi ngờ chiến lược thống nhất đất nước của Đảng.

Tại Hội nghị Trung ương lần thứ IX, Lê Duẩn, Lê Đức Thọ và Phạm Hùng đã phê phán chủ trương chung sống hòa bình và hội nghị kết thúc với nghị quyết xác định lập trường đứng về phía Trung Quốc lên án "chủ nghĩa xét lại Khrushchyov", đẩy mạnh công cuộc đấu tranh bằng vũ lực ở miền Nam. Sau Hội nghị Trung ương lần thứ 9, báo chí tăng cường phê phán "chủ nghĩa xét lại hiện đại". Lê Đức Thọ cho đăng loạt bài "Tăng cường mặt trận tư tưởng để củng cố Đảng" nói rằng một thiểu số trong đảng không đi theo đường lối đã vạch ra và thông báo các đảng viên sẽ phải dự các lớp học tập và chỉnh huấn để thấm nhuần nghị quyết của Hội nghị Trung ương 9.

Những bất đồng của hai nhóm trong nội bộ đảng không dừng lại ở năm 1963-64 mà kết thúc bằng đợt bắt giữ những người ủng hộ quan điểm của Khrushchyov vào năm 1967. Theo tường thuật của Trần Đĩnh, người tự nhận là đã viết tiểu sử chính thức cho Hồ Chí Minh,

Thời điểm vụ thanh lọc để bắt những nhân vật trong vụ án được diễn ra vào năm 1967, vào thời điểm xây dựng bản Nghị quyết 14 ban hành vào đầu năm 1968, đúc kết và định hướng cho cuộc Tổng công kích Tết Mậu Thân năm 1968.[12]

Đến thập niên 1990, các tài liệu do nhà sử học Ilya Gaiduk phát hiện tại kho lưu trữ của Liên Xô cho thấy trong quãng thời gian này, các nhân viên Đại sứ quán Liên Xô tại Hà Nội (có khả năng là có cả một số sĩ quan tình báo) quả thực đã liên lạc với một nhóm nhỏ các nhân vật bất mãn của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa từng bị giáng chức từ nhiều năm trước đó. Nhóm bất mãn này đã yêu cầu Liên Xô can thiệp vào tình hình nội bộ của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa[5] Theo Merle L. Pribbenow, miêu tả về nhóm này khá trùng khớp với các nhân vật bị bắt trong vụ án. Việc phát hiện những nhân vật trong nội bộ có liên hệ với tình báo Liên Xô là quá đủ để chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thực hiện các cuộc bắt giữ nhanh chóng, khi mà một mối nguy về gián điệp và khe hở về an ninh đã lộ diện